一、一般起訴期限
（一）作為類：
修改后的《行政訴訟法》已于2015年5月1日起開始施行，其中第46條第一款規定，公民、法人或者其他組織直接向人民法院提起訴訟的，應當自知道或者應當知道作出行政行為之日起六個月內提出。法律另有規定的除外。
第48條規定，公民、法人或者其他組織因不可抗力或者其他不屬于其自身的原因耽誤起訴期限的，被耽誤的時間不計算在起訴期限內。公民、法人或者其他組織因前款規定以外的其他特殊情況耽誤起訴期限的，在障礙消除后十日內，可以申請延長期限，是否準許由人民法院決定。
最高人民法院《關于執行〈中華人民共和國行政訴訟法〉若干問題的解釋》（下文簡稱《執行解釋》）（2000年3月10日起施行）第41條規定，行政機關作出具體行政行為時，未告知公民、法人或者其他組織訴權或者起訴期限的，起訴期限從公民、法人或者其他組織知道或者應當知道訴權或者起訴期限之日起計算，但從知道或者應當知道具體行政行為內容之日起最長不得超過2年。復議決定未告知公民、法人或者其他組織訴權或者法定起訴期限的，適用前款規定。
（二）不作為類：
修改后的《行政訴訟法》第47條規定，公民、法人或者其他組織申請行政機關履行保護其人身權、財產權等合法權益的法定職責，行政機關在接到申請之日起兩個月內不履行的，公民、法人或者其他組織可以向人民法院提起訴訟。法律、法規對行政機關履行職責的期限另有規定的，從其規定。公民、法人或者其他組織在緊急情況下請求行政機關履行保護其人身權、財產權等合法權益的法定職責，行政機關不履行的，提起訴訟不受前款規定期限的限制。
最高人民法院《關于適用〈中華人民共和國行政訴訟法〉若干問題的解釋》（下文簡稱《適用解釋》）（2015年5月1日起施行)第4條規定，公民、法人或者其他組織依照行政訴訟法第47條第一款的規定，對行政機關不履行法定職責提起訴訟的，應當在行政機關履行法定職責期限屆滿之日起六個月內提出。
二、最長起訴期限
修改后的《行政訴訟法》第46條第二款：因不動產提起訴訟的案件自行政行為作出之日起超過二十年，其他案件自行政行為作出之日起超過五年提起訴訟的，人民法院不予受理。
（一）最長起訴期限是除斥期間還是特殊期間
最長起訴期限是除斥期間是指，只要超過了法定的最長期限，無論出于何種原因導致，法院將不予受理，受理后也將裁定駁回起訴。不論理論界或實務界，很多人均主張這種觀點，以保障行政行為高效、穩定，以免時過境遷，或難于取證、難于還原事實真相而排除合法的行政行為被推翻。
最長起訴期限是特殊期間是指，雖然超過了最長訴訟時間，但是如果有法定的合理理由，最長訴訟時效要考慮特殊情況予以適當考量，或扣除或延長，起訴人并不當然喪失訴權，法院仍然需要依法審理。這種觀點在理論與實務中也有很多人支持，意在最大限度地保障當事人的訴權，以免行政行為的不公開、不透明、不告知等而肆意侵犯相對人尤其是利害關系人的合法權益。
筆者傾向于后一種觀點。理由如下：首先，根據修改后的《行政訴訟法》第48條及《執行解釋》第43條的規定，就起訴期限的司法適用必須基于這樣的原則：對當事人的訴權進行了擴大和更寬泛的保護。其次，人民法院對行政訴訟起訴期限的審查要根據個案的證據材料，并結合具體法律、法規對法定期限的規定進行。在訴訟各階段，依職權或被告提出異議對起訴期限進行審查，既要嚴格依法確定，又要查找有無扣除或延長起訴期限的正當理由，充分保護原告訴權。再次，從客觀情況出發，除了不可抗力和被限制人身自由外，因行政機關或司法機關的因素造成起訴人起訴超過期限的情況也必須由司法機關加以充分考慮。
（二）最長起訴期限的舉證責任應如何分配
1.超過最長起訴期限的抗辯舉證責任
根據最高人民法院《關于行政訴訟證據若干問題的規定》第4條第三款規定，被告認為原告起訴超過法定期限的，由被告承擔舉證責任。主張超過最長起訴期限的舉證責任在被告一方（即行政機關），如果被告主張起訴人超過最長起訴期限，則應當承擔相應的舉證責任——包括舉證證明行政行為是何時因何事、何因、何依據作出的行政行為，是否告知、送達當事人，是否告知當事人訴權，當事人是否知道或者應當行政行為的內容，當事人何時開始行使訴權等方面。否則，法院即可依據舉證責任分配判定被告舉證不能，不支持被告關于起訴期限的抗辯。就原告而言，自然就可以輕松回避最長起訴期限的適用了。當然根據案件的不同情況，以上舉證責任可能不需要全部完備，也可能需要增補，畢竟每個案件都有其特殊性。沒有兩個完全相同的案件，正如世上沒有兩片相同的樹葉一樣，個案審理中法院也需要根據案情靈活掌握舉證責任的分配與承擔。
2.超過最長起訴期限的舉證責任
未超過最長起訴期限的主張一般來說由起訴人提出，一般也不需要舉證，這不僅僅是否定命題難以證明的問題。因為根據以上分析，未超過最長起訴期限的主張與超過最長起訴期限的抗辯主張正好針鋒相對，是同一個問題同一個事實，應當由被告來證明該事實的成立。被告舉證成功則該事實成立，否則推定該事實不成立。起訴人只需提出自己的主張坐看被告舉證的效果即可，被告舉證到位則起訴人的主張自然不成立，否則起訴人的主張推定自然成立。
不過，若是被告的舉證足以讓法官相信起訴人確實已經超過最長起訴期限，起訴人依然堅持主張未超過最長起訴期限的，舉證責任則開始發生變化，成為一種足以反駁的舉證責任。這時候，需要起訴人拿出足以推翻被告主張的反證才行，就不能坐看被告的表現無動于衷了。舉證責任出現轉移，此時就由起訴人來承擔，否則將要承擔舉證不能的法律后果。
3.不屬于起訴人自身的原因的舉證責任
在最長起訴期限的抗辯中，要想主張未超過最長起訴期限，還有一個方式就是主張由于不屬于起訴人的原因而耽誤的時間應當予以扣減。因為根據《執行解釋》第43條的規定，由于不屬于起訴人自身的原因超過起訴期限的，被耽誤的時間不計算在起訴期限內。因人身自由受到限制而不能提起訴訟的，被限制人身自由的時間不計算在起訴期間內。但是何種原因屬于“不屬于起訴人自身的原因”，法律并未予以明確；“不屬于起訴人自身的原因”的舉證責任應由誰來承擔，更是沒有明確法律依據。
其一，“人身自由受到限制”顯然屬于“不屬于起訴人自身的原因”；其二，根據《行政訴訟法》第48條規定，“不可抗力”顯然也屬于“不屬于起訴人自身的原因”；其三，還應包括“因行政機關或司法機關的因素造成起訴人起訴超過期限的情況”，具體是指：行政機關不履行告知、送達義務或者隱瞞實情，司法機關的訴訟活動耽誤了起訴人的起訴期限等情況；其四，還應該包括第三人與行政機關惡意串通侵犯起訴人的合法權益，而起訴人一直蒙在鼓里毫不知情被耽誤了起訴期限，也應當屬于“其他不屬于其自身的原因”。
那么“不屬于起訴人自身的原因”的舉證責任應由誰來承擔呢？按照否定命題難以證明的標準，以及行政訴訟的舉證責任在被告一方的傳統觀點來看，一般很容易誤解為由被告來承擔舉證責任的結論。因為，當起訴人主張“不屬于起訴人自身的原因”的時候，被告通常會主張“屬于起訴人自身的原因”，面對這樣的兩造爭議，表面上看顯然由被告主張“屬于起訴人自身的原因”更容易證明一些，起訴人主張的否命題好像很難舉證一樣，根據舉證能力的考量應當由被告來舉證。
其實不然，因為根據以上“不屬于起訴人自身的原因”的具體內容來看，比如起訴人要證明存在不可抗力因素——只要拿出突發疾病、自然災害、戰爭等特定事項的一種證據即可，而要被告證明不屬于不可抗力則十分困難。因為被告需要否定掉一切不可抗力的因素，比如要排除突發疾病、自然災害、戰爭等列舉不盡的內容，顯然是不太現實的。再比如人身自由受到限制，起訴人只要拿出行政、司法拘留、刑事拘留、逮捕、判刑、非法拘禁等證據中的一種即可，而要被告舉證證明人身自由沒有受到限制，則很難。除了要排除以上所有情形外，還需要證明起訴人在每時每刻都是自由的才能證明人身自由沒有受到限制，這是何等的困難？！其他的情形可以類推。由此可以看出，根據舉證能力的大小和舉證難易程度分配來看，“不屬于起訴人自身的原因”的舉證責任其實應當由起訴人來承擔。
但有一種情形應當例外，就是系被告行政機關不履行告知、送達義務的因素而導致的“不屬于起訴人自身的原因”，應當由被告承擔舉證責任，這里的道理與以上分析的不可抗力、人身自由受到限制剛好相反。因為起訴人要證明被告沒有履行告知、送達義務很難，要排除一切被告告知、送達的可能性，即要證明被告在任何情況下都不可能告知、送達過是何其困難，而被告要舉證證明其告知過、送達過則相對要容易許多。
（三）超過最長起訴期限的違法行為應如何處理
如果一個行政案件經過法院審理，被生效法律文書確定確實超過了最長起訴期限，但是行政行為確實有合法性、合理性問題，起訴人也確實有合法權益受損的冤屈該如何處理呢？這時候法院不能直接依法糾正行政行為，也不能直接支持起訴人的訴求，該如何處理呢？
1.法院當如何處理？
根據修改后的《行政訴訟法》第1條規定，為保證人民法院公正、及時審理行政案件，解決行政爭議，保護公民、法人和其他組織的合法權益，監督行政機關依法行使職權，根據憲法，制定本法。可見《行政訴訟法》已明確授權法院具有監督行政機關依法行使職權的法定職責，即使通過審理發現起訴人的起訴確實超過了最長起訴期限，不能通過判決或裁定的方式直接監督行政機關違法行使職權，但是還可以通過司法建議等方式間接行使監督職能，建議行政機關自行糾正，從而有效發揮法院的法定監督作用，這是非常有必要也是可行的。
2.行政機關當如何處理？
從行政機關來說，依法行政永遠是自己的法定職責，任何時候發現都應當及時糾正，并不會因為行政行為相對人、利害關系人對其具體行政行為已過了起訴期限，便導致其固有的法定職責喪失。換言之，行政訴訟當事人因起訴期限喪失了訴權，絕不能也更不應成為行政機關維持沒有事實和法律依據的違法行政行為的理由與借口，行政機關不應坐視錯誤而不糾正。
因此，行政機關發現自己確實有不合法、不合理之處，應當自行糾正，或者依據當事人的要求、復議申請而進行糾正。
3.起訴人當如何處理？
如果法院不進行間接監督，行政機關也不能自行糾正的話，作為受到冤屈的起訴人當如何是好呢？此時，起訴人可以向原行政機關提出要求或者向上一級行政機關提出復議申請（如果此前已復議過則不必），請求行政機關依法及時糾正不合法、不合理之處。如果行政機關拒絕糾正不作為，則可以就此新的不作為行為進行起訴，原來超過最長起訴期限的問題也就不復存在，從而啟動法院對其的司法監督程序。
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