第一種情形是，如果勞動合同中明確約定了基本工資和加班費的標準，并且約定的加班費的計算基數不低于基本工資的，有的法院按照約定的數額計算加班費，而有的法院以基本工資為基數計算加班費。因此，除了基本工資之外，勞動者的工資報酬還有以津貼或者其他形式體現的。在此基本工資為基數計算加班費時，實際上未將勞動者的工資報酬完全涵蓋進來，從而加班費的數額就比勞動者的應得數額少。
第二種情形是，勞動合同中約定了勞動者的基本工資，但是沒有約定加班費的計算基數，且用人單位實際支付加班費的計算基數低于基本工資的。我們認為，從《勞動法》的規定來看，加班費的計算標準之所以高于平時的工資，主要原因是對勞動者喪失休息時間的一種補償，具有保護勞動者的立法目的，因而屬于強行性規范。在勞動合同中沒有約定加班費計算基數或者實際支付加班費的計算基數低于基本工資的，應當認定用人單位違反了法定義務，按照基本工資的標準補足加班費的差額。
第三種情形是，勞動合同中沒有約定基本工資和加班費。在訴訟中的，根據雙方當事人提供的證據能夠判斷勞動者的工作時間和工資報酬。在此情形下，應當如何計算加班費？一種算法是將實際發放的工資報酬作為制度工作時間和加班時間的所有工資，計算出每小時的工資標準，以此作為計算加班費的基數。應當看到，此種計算方式是以工資單所反應的工資為勞動者的全部工資報酬為前提的，亦即法官已對實際發放的工資是包括制度工作時間和加班時間的事實產生的確信。但是，如果勞動者有證據證明實際發放的工資并不包括加班費，則不應按照該方式計算加班費。另外，如果以此方式計算出每小時工資低于最低工資標準的，則應按照最低工資標準或者在該企業從事相同或者類似工作的其他勞動者的工資標準計算加班費。
第四種情形是，用人單位在勞動合同中約定了基本工資，也約定了加班工資的計算基數以基本工資為標準，但是加班費之外還支付了生活補貼、津貼、獎金。那么，在加班費計算基數補貼、津貼、獎金是否應納入到加班費計算基數中來。我們認為，要根據補貼、津貼或者獎金的性質分別判斷。一般情況下，補貼、津貼是對勞動者制度工作時間內的勞動的其他補償，并不隨用人單位的效益或者其他因素的變化而改變，因此應當計入加班費的計算基數之內。而獎金的形式有很多，如果獎金是根據勞動者的工作業績發放的，則應當根據勞動者主張加班費的期間的工作業績來判斷是否計入工資的范圍從而作為加班費的計算基數。
第五種情形是，勞動合同只約定了基本工資，沒有約定加班費計算基數。那么基本工資之外的補貼、津貼、獎金應否計入加班費計算基數？我們認為，為了防止用人單位以此形式減少其加班費的支付，侵害勞動者的權益，在勞動合同無明確約定的情況下，這些形式的工資都應當計入加班費計算基數，而獎金的數額可以根據勞動者一定時期內獲得的獎金的平均數額計算。
第六種情形是，有的法院為了訴訟快捷，避免證明困難等問題，采取無論當事人有無約定，都按當地最低工資標準計算加班費。此種方式的不合理性十分明顯，不僅違反了法律關于加班費計算標準的規定，而且在很多場合也違反了當事人的約定。
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