一、非法用工與勞務關系競合時的處理
非法用工是指不具備合法經營資格的用人單位進行的用工。這類用人單位主要包括未辦理營業執照、營業執照被吊銷、營業執照期限屆滿后仍繼續經營的經濟組織。對非法用工關系如何認定，存在不同觀點。
第一種觀點認為，這種非法用工關系應作為民事雇傭關系。不具備合法經營資格的用人單位與所雇人員之間簽訂的勞動合同因違反勞動合同法第二十六條第一款而無效，無效的勞動合同視為自始不存在勞動關系。而且，無工商登記的個體工商戶或企業發生的民事行為應由其出資人承擔法律責任，而其出資人很多情況下是自然人，自然人與自然人之間的用工關系當然屬于雇傭關系。第二種觀點認為，非法用工關系應屬勞動關系。無營業執照進行經營的非法用工主體雖然形式上不符合用人單位的條件，但實質上已構成個體工商戶或企業的實質要件；非法用工主體由于違反工商登記的規定，應受到行政處罰，但行政違法行為不影響其民事行為的效力；勞動者作為非法用工關系中的相對方，并不存在任何過錯，不應因非法用工的違法行為而導致他們不受勞動法的保護。
筆者原則上同意將非法用工關系認定為勞動關系的觀點，但理由有所不同。
其一，勞動力一旦支出即無法返還，無效勞動關系中所涉之勞動者仍然受勞動法的保護。勞動合同法第九十三條規定，對不具備合法經營資格的用人單位招用的勞動者已經付出勞動的，該單位或者其出資人應當依照本法有關規定向勞動者支付勞動報酬、經濟補償、賠償金；給勞動者造成損害的，應當承擔賠償責任。《工傷保險條例》（以下簡稱《條例》）第六十六條也明確規定，對于非法用工關系中所涉工傷按勞動爭議案件處理。
其二，在司法實踐中，傾向于將用人單位主體資格缺失作為勞動合同法第二十六條第一款中“違反法律、行政法規強制性規定的”情形而認定為勞動合同無效，但該法的宗旨側重于保護勞動者，其在無效勞動合同的制度設計上，賦予了勞動者更多的選擇權，勞動者既可以向用人單位主張因勞動合同無效而產生的賠償責任，也可以單方隨時通知解除，這使得無效勞動合同的法律后果等同于可撤銷合同。由此可見，勞動合同法并未將無效勞動合同中用人單位與勞動者所形成的關系與勞動關系區別對待。
現實中存在的問題是，即使將非法用工認定為勞動關系，如果非法用工單位的賠償能力不強，勞動者利益也不能得到更好的保護，反而在失去工傷保險賠付的優勢的同時，還要經歷繁瑣漫長的求償程序，與其這樣，倒不如賦予勞動者向非法用工單位主張人身損害賠償的權利，以使勞動者能夠得到更高數額的救濟。其實，非法用工單位與勞動者之間的法律關系，從勞動法角度考量系無效勞動合同關系，但從民法視角考察系勞務關系，可以說產生了非法用工與勞務關系的競合，這樣勞動者發生工傷時，既可以選擇依據《條例》第六十六條之規定請求用人單位給予工傷保險待遇一次性賠償，也可以依據侵權責任法請求用人單位按照人身損害賠償標準給予賠償。
二、非法用工單位人員傷亡的工傷認定和勞動能力鑒定問題
由于非法用工單位中的職工得職業病或受到事故傷害的并不是由工傷保險基金賠付，而是由非法用工單位來進行賠償，所以進行工傷認定的意義不大，而且徒增繁瑣，傷殘職工與用人單位之間的糾紛很可能因工傷認定而轉換成為傷殘職工或用人單位與行政機構的行政糾紛，如此一來當事人的權利救濟將更加困難。上海、廣東、浙江等地高院的指導意見都規定，該種情形通過勞動爭議處理途徑予以解決，不納入工傷認定范圍。工傷認定的邏輯起點在于勞動關系的存在，如果沒有勞動關系這一前提，則傷害只能是一般侵權或意外事故，由此推斷沒有勞動關系存在的傷害不需進行工傷認定，但不能反過來推理，即不進行工傷認定即意味著不存在勞動關系。用人單位認可勞動者所受傷害的，就不必進行工傷認定。
實踐中，勞動能力鑒定委員會以非法用工單位的傷殘職工未進行工傷認定為由，不予受理勞動能力鑒定。勞動能力鑒定與工傷認定不同，工傷認定是確定是否補償的關鍵，而勞動能力鑒定是決定賠償或補償多少的關鍵。對于非法用工單位的傷殘職工進行勞動能力鑒定，對其獲得合理的賠償有利無弊，并不分割工傷保險制度。根據該鑒定結論，勞動爭議處理機構或人民法院可以判定用人單位賠償傷殘職工的數額。依照《非法用工單位傷亡人員一次性賠償辦法》第三條規定，非法用工單位傷亡人員的勞動能力鑒定按照屬地原則由單位所在地社區的市級勞動能力鑒定委員會辦理。仲裁機構或人民法院可委托上述機構予以鑒定，不宜直接委托其它鑒定機構進行勞動能力鑒定。
三、仲裁時效與工傷認定期間的適用
《條例》規定，用人單位未提出工傷認定申請的，工傷職工或其直系親屬、工會組織在事故傷害發生之日或者被診斷、鑒定為職業病之日起一年內，可以提出工傷認定申請。由此引出的問題是：勞動爭議仲裁時效同樣為一年，其起算點與工傷認定申請的起算點一致，但是勞動者要等到工傷認定決定出來后才能申請仲裁，而這時往往超過一年期。勞動者申請工傷認定是否屬于勞動爭議仲裁時效的中斷事由？
對此有觀點認為，申請工傷認定并不是勞動者的實體權利請求和救濟，僅僅是一種程序性行為，因此無法引起勞動爭議仲裁時效的中斷。筆者認為，工傷認定是勞動者主張實體權利救濟的必備前置程序，沒有工傷認定，勞動者的權利得不到勞動爭議仲裁委和法院的支持，所以申請工傷認定應視為向“有關部門請求權利救濟”，從而引起仲裁時效的中斷。
四、法院不能在勞動爭議案件中直接作出工傷認定
這又分為兩種情形：一種是參加工傷保險的勞動者未能在一年期內申請工傷認定，申請勞動仲裁不予受理，又起訴至法院；另一種是未參加工傷保險的勞動者向用人單位主張工傷待遇賠償，在向社會保險行政部門提出工傷認定申請時，由于無書面勞動合同，又被告知向法院提起勞動關系確認之訴，在訴訟中法院能否直接作出工傷認定？
第一種情形如果是勞動者自身怠于行使權利引起的，由于勞動爭議仲裁時效期間與訴訟時效期間是等同的，根據《最高人民法院關于審理勞動爭議案件適用法律若干問題的解釋㈠》第三條的規定，法院應駁回其訴訟請求。如果是用人單位惡意不申報工傷，而勞動者由于法律知識的不足并無主觀上的過錯，致使未能在規定的期限內申報工傷，勞動者按工傷程序一定會被駁回起訴，可以人身侵權糾紛起訴用人單位，由法院參照雇員受害賠償進行處理。
第二種情形目前存在爭議。有意見認為，工傷認定屬于行政確認行為，法院應當遵循司法權與行政權相分離的原則；某些慢性的職業傷害比較復雜，社保行政部門認定工傷更具有專業性和中立性；法院在民事訴訟中直接認定工傷看似減輕了當事人訴累，但會縱容當事人不積極申報工傷，導致法院負擔增加以及司法資源浪費。筆者認同此種觀點。《條例》已明確規定工傷認定由社保行政部門受理，況且法院并不具備認定工傷的專業能力。
五、工傷認定機構在工傷認定程序中是否具有勞動關系確認權
實踐中，許多企業沒有與勞動者簽訂書面勞動合同，一旦發生傷亡事故，雙方便會圍繞是否存在事實勞動關系發生爭執。工傷認定機構在進行工傷認定時，是否有權確認事實勞動關系？
支持觀點認為，工傷認定中事實勞動關系的確認權應由工傷認定機構行使。理由是：《條例》第十八條第二項已明確規定，證明勞動關系的材料包括證明事實勞動關系的相關材料，工傷認定部門可以對是否存在事實勞動關系作出判斷；先通過勞動仲裁確認勞動關系，再進行工傷認定的程序，加重了勞動者的訴累；若按這一程序開展工作，極易把勞動爭議仲裁部門的確認程序變成工傷認定的前置程序，但法律法規對此沒有明確規定。
反對觀點認為，工傷認定中事實勞動關系仍應由勞動仲裁部門確認。對此勞動爭議調解仲裁法、原勞動部辦公廳《關于勞動爭議受理問題的復函》都有規定。如工傷爭議的雙方是否存在勞動關系也由工傷認定機構確認，則超出了工傷認定機構的職責范圍。
筆者認為，《最高人民法院關于勞動行政部門在工傷認定程序中是否具有勞動關系確認權請示的答復》明示勞動行政部門有此職權。任何勞動爭議都涉及對是否存在勞動關系這一前提事實的審查，而單純的確認勞動關系并不附帶具體權利義務內容，故不應由獨立的程序來完成，在已經啟動的程序中完成即可。否則，即使有充分的證據，只要用人單位否認勞動關系，就另行提起確認之訴，不僅是違法增設了一道前置程序，而且使本就持久的維權過程更加漫長。
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